自從有媒體報道，深色蜂蜜比淺色蜂蜜營養更豐富，讓顏色成了不少人挑選蜂蜜的重要考量指標。其實，只要是蜂蜜，營養價值都不會有多大的差異，顏色深淺主要是因為蜂蜜的品種不同。
一般來說，蜂蜜的顏色和味道與蜂蜜的品種密切相關。如椴樹蜜為淺琥珀色、清澈半透明；向日葵蜜為琥珀色；雜花蜜的顏色不固定，一般為黃紅色；野桂花蜜、刺槐蜜、荔枝蜜、紫云英蜜等為水白色，顏色較淺；蕎麥蜜、桉樹蜜等為琥珀色，顏色較深。此外，蜂蜜顏色與養蜂過程中使用的蜂巢也有一定的關系，對于同一品種的蜂蜜，從舊蜂巢中產出的蜜，顏色會稍微深一些。
此外，蜂蜜的存儲時間和溫度也會影響其質量和顏色，通常而言，高溫環境中存儲的蜂蜜顏色更容易變暗，而含水量較高的不同種類蜂蜜，在較低溫度下或放置時間過長，還容易出現結晶。值得提醒的是，蜂蜜結晶并不能說明質量不好。
顏色雖不能證明蜂蜜的營養價值，卻是辨別真假的“法寶”。真蜂蜜中因含有花粉等成分，看起來不是很清亮，呈白色、淡黃色或琥珀色，以淺淡色為佳。假蜂蜜由于是用白糖熬成或用糖漿冒充，故色澤鮮艷，一般呈淺黃或深黃色，大家購買時一定要謹慎。我們在超市中看到的蜂蜜是經過高溫處理和過濾的，看起來色彩比較純凈，天然蜂蜜則顏色較為混濁。